特に問題はありません。
鉄筋コンクリートは、鉄筋をコンクリートが保護しサビを防止する工法です。鉄にサビが発生するのは、鉄が酸化するためですが、コンクリートはPH(ペーハー)12以上の強いアルカリ性のため、コンクリートの中では、鉄筋にサビは発生しません。
コンクリート打設前に鉄筋に発生しているサビについても、通常現場で施工する期間に発生するサビの程度では、問題ありません。また、サビが著しく、塊状に付着している場合は、ブラシで取り除きます。
〈参考〉
日本建築学会編「建築工事標準仕様書 JASS5鉄筋コンクリート工事」にも『鉄筋表面の赤さびは多少であればそのまま用いてもよいが、塊状に付着している場合にはブラシで取り除く。』とかかれています。